O clube entrou no profissionalismo em 2000 com o nome de Esporte Clube Independente, sagrou-se vice-campeão da 3ª Divisão baiana, conseguindo o acesso para a Segunda Divisão. Em 2001, conquistou o título da 2ª Divisão vencendo na final o Grapiúna.

O Independente protagoniza uma das mais meteóricas histórias do futebol estadual. Somente em novembro de 2000 iniciou, de fato, as suas atividades como clube profissional - é filiado à FBF desde 1997. A experiência nordestina do Palmeiras começou em 2000, quando o time fechou uma parceria com o Independente, clube da cidade do interior baiano. No início deste ano, a agremiação paulista tomou conta de vez da equipe e colocou seu nome na associação baiana.

No ano de 2002, o clube passa a se chamar Palmeiras do Nordeste e, em sua primeia participação na divisão principal, conquista o título do Campeonato Baiano e do Campeonato do Interior, garantindo o direito de disputar o Campeonato Brasileiro da Série C.

Em 2003, conquistou a Taça Estado da Bahia, vencendo o Cruzeiro de Cruz das Almas na final.

Sua decadência iniciou-se em 2004 quando o Palmeiras encerrou sua parceria com o clube. Em 2005, mesmo com grandes dificuldades financeiras disputou o Campeonato Baiano na cidade de Santo Antônio de Jesus, sendo rebaixado após desempate contra o Sport Camaçariense.

No ano de 2007, revitalizado com o atual nome e após estabelecer uma parceria com uma sociedade empresária de Feira de Santana, sagrou-se Campeão Baiano da segunda divisão, após dois empates com o Galícia na final, tendo acesso a divisão principal.